2025 m. įgyvendintas projektas „Muziejinių vertybių restauravimas ir konservavimas“, kurį finansavo Lietuvos kultūros taryba ir Marijampolės savivaldybė.

Projekto metu restauruotos 9 muziejinės vertybės: buvusio Marijampolės burmistro Juozo Mauruko baldai, Tauro apygardos Geležinio vilko rinktinės būrio vado Vytauto Marčiulaičio Vėjelio akordeonas, XIX a. liaudies meistrų išdrožtos medinės šventųjų skulptūros bei vienas vertingiausių eksponatų muziejuje – Marijampolės taikos teismo knyga.

Muziejinių vertybių restauravimo ir konservavimo darbus atliko LNDM Prano Gudyno restauravimo centro ir Lietuvos teatro, muzikos ir kino muziejaus restauratoriai.